合作协议受法律保护，具有法律效力。依据《中华人民共和国合同法》等，协议书能明确双方权利与义务，具有约束力，可监督双方信守承诺。未及时处理协议纠纷，可能导致权益受损、合作关系破裂。
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合作协议受法律保护。具体操作：1.协商：双方直接沟通，寻求共识，解决分歧。2.调解：请第三方介入，促进双方和解。3.仲裁：依据仲裁协议，提交仲裁机构裁决。4.诉讼：若协商、调解、仲裁无果，可向法院提起诉讼，维护自身权益。
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合作协议纠纷的常见处理方式有协商、调解、仲裁、诉讼。应根据纠纷性质、双方意愿及实际情况选择处理方式，协商调解优先，仲裁诉讼为备选，以高效、公正解决纠纷为目标。